Bland de många valen är dessa fem fläckar de vanligaste, börjar med etidiumbromid, som är den mest använda. När du arbetar med denna process är det viktigt att inte bara känna till skillnaderna mellan fläckarna utan de inneboende hälsoriskerna.
Etidiumbromid är troligtvis det mest kända färgämnet som används för att visualisera DNA. Det kan användas i gelblandningen, elektroforesbufferten eller för att färga gelén efter att den har körts.
Färgämnesmolekyler vidhäftar DNA-strängar och fluorescerar under UV-ljus, vilket visar dig exakt var banden finns i gelén. Trots dess fördel är nackdelen att etidiumbromid är ett potentiellt cancerframkallande, så det måste hanteras med stor försiktighet.
SYBR Guldfärgämne kan användas för att färga dubbel- eller enkelsträngat DNA eller för att färga RNA. SYBR Gold träffade marknaden som ett av de första alternativen till etidiumbromid och anses vara mer känsligt.
Eftersom fluorescensen av den obundna molekylen är så låg krävs inte destainering. Licensinnehavare Molecular Probes har också (sedan lanseringen av SYBR Gold) utvecklat och marknadsfört SYBR Safe och SYBR Green som är säkrare alternativ till etidiumbromid.
SYBR Green I- och II-fläckarna (återigen marknadsförs av Molecular Probes) är optimerade för olika ändamål. Eftersom de binder till DNA anses de fortfarande som potentiella mutagener och på grund av detta bör de hanteras med försiktighet.
SYBR Green I är mer känslig för användning med dubbelsträngat DNA, medan SYBR Green II å andra sidan är det bäst för användning med enkelsträngat DNA eller RNA. Liksom den populära etidiumbromidfärgen fluorescerar dessa mycket känsliga fläckar under UV-ljus.
Både SYBR Green I och II rekommenderas av tillverkaren för att användas med "254 nm epi-illumination Polaroid 667 svart och vit film och ett SYBR-fotografiskt filter med grön gelfärg "för att uppnå detektering av 100 pg RNA eller enkelsträngat DNA per band.
SYBR Safe designades för att vara ett säkrare alternativ till Ethidium Bromide och andra SYBR-fläckar. Det anses inte vara farligt avfall och kan i allmänhet bortskaffas genom de vanliga avloppssystemen (dvs ner i avloppet), eftersom toxicitetstest indikerar att det inte finns någon akut toxicitet.
Testar också pekar på det finns liten eller ingen genotoxicitet på Syrian Hamster Embryo-celler (SHE), humana lymfocyter, muslymfomceller, eller noteras i AMES-testet. Fläcken kan användas med en blå-ljus transilluminator som orsakar mindre skada på DNA som visualiseras och erbjuder bättre effektivitet för senare kloning.
Det är också ett bra val om du använder geler med låg smältpunkt för återvinning av DNA. Den är mycket stabil vid höga temperaturer och har mycket låg fluorescens på egen hand, men är mycket fluorescerande när den är bunden till DNA. Eva Green har också visat sig ha mycket låg eller ingen cytotoxicitet eller mutagenicitet.