Molekylära föreningar innehåller två eller flera icke-metaller (inte ammoniumjonet). Vanligtvis kan du känna igen en molekylär förening eftersom det första elementet i föreningens namn är ett icke-metalliskt. Vissa molekylära föreningar innehåller väte, men om du ser en förening som börjar med "H" kan du anta att det är en syra och inte en molekylförening. Föreningar som endast består av kol med väte kallas kolväten. Kolväten har sin egen speciella nomenklatur, så de behandlas annorlunda än andra molekylära föreningar.
Icke-metaller kan kombineras i olika förhållanden, så det är viktigt att namnet på en molekylförening anger hur många atomer av varje typ av element som finns i föreningen. Detta uppnås med prefix. Om det bara finns en atom i det första elementet används inget prefix. Det är vanligt att prefixera namnet på en atom i det andra elementet med mono-. Till exempel heter CO kolmonoxid snarare än koloxid.
Du kan skriva formeln för en kovalent förening från dess namn genom att skriva symbolerna för det första och andra elementet och översätta prefixerna till underskript. Exempelvis skulle xenonhexafluorid skrivas XF
6. Det är vanligt att studenter har problem med att skriva formler från föreningar namn eftersom joniska föreningar och kovalenta föreningar ofta förvirras. Du balanserar inte avgifterna för kovalenta föreningar; om föreningen inte innehåller en metall, försök inte att balansera detta!