En av de mest utmanande utmaningarna som afrikanska stater mötte vid självständigheten var deras brist på infrastruktur. Europeiska imperialister var stolta över att få civilisationen och utveckla Afrika, men de lämnade sina tidigare kolonier lite i vägen för infrastruktur. Imperierna hade byggt vägar och järnvägar - eller snarare tvingat de sina koloniala subjekter att bygga dem - men dessa var inte avsedda att bygga nationell infrastruktur. Imperiala vägar och järnvägar var nästan alltid avsedda att underlätta export av råvaror. Många, liksom den ugandiska järnvägen, sprang direkt till kusten.
Dessa nya länder saknade också tillverkningsinfrastrukturen för att ge mervärde till sina råvaror. Rika eftersom många afrikanska länder hade kontantgrödor och mineraler, kunde de inte bearbeta dessa varor själva. Deras ekonomier var beroende av handel, och detta gjorde dem sårbara. De var också inlåsta i cykler av beroenden av sina tidigare europeiska mästare. De hade fått politiska, inte ekonomiska beroenden, och som Kwame Nkrumah - den första premiären minister och president för Ghana - visste, politiskt oberoende utan ekonomiskt oberoende var meningslös.
Energiberoende
Bristen på infrastruktur innebar också att afrikanska länder var beroende av västerländska ekonomier för mycket av sin energi. Även oljerika länder hade inte de raffinaderier som behövdes för att förvandla sin råolja till bensin eller eldningsolja. Vissa ledare, som Kwame Nkrumah, försökte rätta till detta genom att ta på sig enorma byggprojekt, som vattenkraftprojektet Volta River. Fördämningen levererade välbehövlig elektricitet, men dess konstruktion satte Ghana starkt i skuld. Konstruktionen krävde också flyttning av tiotusentals ghanier och bidrog till Nkrumahs fallande stöd i Ghana. 1966 var Nkrumah stört.
Oerfarligt ledarskap
Vid självständigheten fanns det flera presidenter, som Jomo Kenyatta, hade flera decennier av politisk erfarenhet, men andra, som Tanzanias Julius Nyerere, hade gått in i den politiska striden bara år före självständighet. Det fanns också en tydlig brist på utbildat och erfaret civilt ledarskap. De nedre kolonierna i den koloniala regeringen hade länge bemannats av afrikanska undersåtar, men de högre rankningarna hade varit reserverade för vita tjänstemän. Övergången till nationella officerare vid oberoende innebar att det fanns individer på alla nivåer av byråkratin med lite tidigare utbildning. I vissa fall ledde detta till innovation, men de många utmaningar som afrikanska stater mötte vid oberoende förvärrades ofta av bristen på erfaret ledarskap.
Brist på nationell identitet
Gränserna som Afrikas nya länder satt kvar med var de som togs i Europa under Scramble för Afrika utan hänsyn till det etniska eller sociala landskapet på marken. Ämnen i dessa kolonier hade ofta många identiteter som trumfade deras känsla av att vara, till exempel ghananska eller kongoleser. Kolonialpolitiken som privilegierade en grupp över en annan eller tilldelade mark och politiska rättigheter av "stam" förvärrade dessa uppdelningar. Det mest kända fallet av detta var den belgiska politiken som kristalliserade uppdelningarna mellan Hutuer och Tutsier i Rwanda som ledde till den tragiska folkmorden 1994.
Omedelbart efter avkoloniseringen gick de nya afrikanska staterna överens om en politik med okränkbara gränser, vilket innebar att de inte skulle försöka skriva om Afrikas politiska karta eftersom det skulle leda till kaos. Ledarna för dessa länder fick således utmaningen att försöka skapa en känsla av nationell identitet i en tid då de som söker en andel i det nya landet ofta spelade mot individernas regionala eller etniska lojalitet.
Kalla kriget
Slutligen sammanföll avkoloniseringen med det kalla kriget, som presenterade en annan utmaning för afrikanska stater. Push and pull mellan Förenta staterna och Unionen sovjetiska socialistiska republikerna (USSR) gjorde att icke-anpassning a ett svårt, om inte omöjligt alternativ, och de ledare som försökte snida tredje vägen tyckte i allmänhet att de var tvungna att ta sidor.
Politik under kalla kriget presenterade också en möjlighet för fraktioner som försökte utmana de nya regeringarna. I Angola ledde det internationella stödet som regeringen och rebellfraktionerna fick under det kalla kriget till ett inbördeskrig som varade i nästan trettio år.
Dessa kombinerade utmaningar gjorde det svårt att skapa starka ekonomier eller politisk stabilitet i Afrika och bidrog till omvälvningen som många (men inte alla!) Stater stod inför i slutet av 60-talet och sent 90-tal.