I vissa regioner, som södra Indien, höll hinduiska riken fast och till och med drev tillbaka mot den muslimska tidvattnet. Subkontinentet mötte också invasioner av kända centralasiatiska erövrare Djingis Khan, som inte var muslim, och Timur eller Tamerlane, som var.
Denna period var en föregångare till Mughal-era (1526–1857). De Mughal Empire grundades av Babur, en muslimsk prins som ursprungligen från Uzbekistan. Under senare Mughals, särskilt Akbar den stora, de muslimska kejsarna och deras hinduiska undersåtar nådde en aldrig tidigare skådad förståelse och skapade en vacker och blomstrande multikulturell, multietnisk och religiöst mångfaldig stat.
År 1206, en före detta Mamluk slaven med namnet Qutbubuddin Aibak erövrade norra Indien och grundade ett kungarike. Han utnämnde sig till sultan från Delhi. Aibak var en centralasiatisk turkisk talare, liksom grundarna av tre av de fyra nästa fyra sultanaterna i Delhi. Totalt fem dynastier av muslimska sultaner styrde stora delar av norra Indien fram till 1526, då Babur svepte ner från Afghanistan för att hitta Mughal-dynastin.
1221 flydde sultanen Jalal ad-Din Mingburnu från sin huvudstad i Samarkand, Uzbekistan. Hans Khwarezmid-imperium hade fallit till de framåtgående arméerna av Genghis Khan, och hans far hade dödats, så den nya sultanen flydde söderut och österut i Indien. Vid Indus-floden i det nuvarande Pakistan, fångade mongolerna Mingburnu och hans 50 000 kvarvarande trupper. Den mongolska armén var bara 30 000 stark, men den fästade persarna mot flodstranden och decimerade dem. Det kan vara lätt att tycka synd om sultan, men hans fars beslut att mörda mongoliska sändebud var den omedelbara gnistan som sätta igång de mongoliska erövringarna i Centralasien och utöver i första hand.
Chola-dynastin i södra Indien hade en av de längsta körningarna av någon dynasti i mänsklig historia. Grundades en tid under 300-talet f. Kr. Och varade fram till år 1250 e.Kr. Det finns ingen registrering av en enda avgörande strid; snarare växte det angränsande Pandyanriket helt enkelt i styrka och inflytande i en sådan utsträckning att det överskuggade och gradvis släckte den antika Chola-politeten. Dessa hinduiska riken var tillräckligt långt söderut för att undkomma påverkan från muslimska erövrare som kom ner från Centralasien.
År 1290 föll Mamluk-dynastin i Delhi och Khilji-dynastin uppstod i stället för att bli den andra av de fem familjerna som styrde Delhi-sultanatet. Khilji-dynastin skulle hänga vid makten bara fram till 1320.
Under deras korta, 30-åriga regeringstid kämpade Khilji-dynastin framgångsrikt mot ett antal invasioner från det mongoliska riket. Den sista, avgörande striden som slutade Mongolens försök att ta Indien var slaget vid Jalandhar i 1298, där Khilji-armén slaktade cirka 20 000 mongoler och drev de överlevande ut ur Indien för Bra.
År 1320 tog en ny familj blandat turkiskt och indiskt blod kontroll över Sultanatet i Delhi, början av Tughlaq-dynastinperioden. Tughlaq-dynastin grundades av Ghazi Malik och expanderade söderut över Deccan-platån och erövrade större delen av södra Indien för första gången. Dessa territoriella vinster varade dock inte länge. År 1335 hade Delhi-sultanatet krympt tillbaka till sitt vana område i norra Indien.
Intressant nog tjänade den berömda marockanska resenären Ibn Battuta som en Qadi eller islamisk domare vid domstolen i Ghazi Malik, som hade tagit tronnamnet Ghyasuddin Tughlaq. Han imponerades inte positivt med den nya härskaren i Indien och beklagade de olika tortyren som använts mot människor som misslyckades med att betala skatter, inklusive att deras ögon slits ut eller smälta bly hällde ner sina halsar. Ibn Battuta var särskilt förskräckt över att dessa skräck begick mot såväl muslimer som otro.
När Tughlaq-makten snabbt avtog i södra Indien, rusade ett nytt hinduimperium att fylla maktvakuumet. Vijayanagara-imperiet skulle härska i mer än tre hundra år från Karnataka. Det förde enastående enhet till södra Indien, huvudsakligen baserad på hinduisk solidaritet inför det uppfattade muslimska hotet i norr.
Även om Vijayanagara kunde förena mycket av södra Indien förlorade de snart den bördiga Deccan-platån som sträcker sig över subkontinentens midja till ett nytt muslimsk sultanat. Bahmanisultanatet grundades av en turkisk rebell mot Tughlaqerna kallade Ala-ud-Din Hassan Bahman Shah. Han vred Deccan från Vijayanagara, och hans sultanat förblev stark i mer än ett sekel. På 1480-talet gick emellertid Bahmani-sultanatet i en brant nedgång. År 1512 hade fem mindre sultanater gått sönder. Femton år senare var den centrala Bahmanistaten borta. I oräkneliga strider och olyckor lyckades de lilla efterföljande staterna avvärja totalt nederlag av Vijayanagar Empire. Men 1686, den hänsynslösa kejsaren Aurengzeb av Mughals erövrade de sista resterna av Bahmani Sultanate.
Madurai-sultanatet, även känt som Ma'bar-sultanatet, var en annan turkisk-styrd region som hade släppt sig fri från Delhi-sultanatet. Baserat långt söderut i Tamil Nadu varade Madurai-sultanatet bara 48 år innan det erövrades av Vijayanagara Kingdom.
Det fjortonde århundradet av den västra kalendern slutade i blod och kaos för Tughlaq-dynastin i Delhi-sultanatet. Den blodtörstiga erövraren Timur, även känd som Tamerlane, invaderade norra Indien och började erövra Tughlaqs städer en efter en. Medborgare i de drabbade städerna massakrerades, deras avtagna huvuden staplade till pyramider. I december 1398 tog Timur Delhi, plundrade staden och slaktade dess invånare. Tughlaqs höll fast vid makten fram till 1414, men deras huvudstad återhämtade sig inte från Timur-terroren i mer än ett sekel.