TBE-buffert (Tris-borat-EDTA) är en buffertlösning som består av Tris-bas, borsyra och EDTA (etylendiaminetetraättiksyra). Denna buffert används ofta för agarosgelelektrofores vid analys av DNA-produkter som är resultatet av PCR-amplifiering, DNA-reningprotokoll eller DNA-kloningsexperiment.
TBE använder
TBE-buffert är särskilt användbar för separering av mindre DNA-fragment (MW <1000), såsom små produkter från restriktionsenzym digereringar. TBE har en större buffertkapacitet och kommer att ge skarpare upplösning än TAE-buffert. TAE (Tris-acetat-EDTA) buffert är en lösning som består av Tris-bas, ättiksyra och EDTA.
TBE är i allmänhet dyrare än TAE och hämmar DNA-ligas, vilket kan orsaka problem om efterföljande DNA-rening och ligeringssteg är avsedda. Med de tre enkla stegen som följer, lära dig att göra TBE-buffert. Det bör inte ta mer än cirka 30 minuter att skapa.
Vad du behöver
För att göra TBE-buffert behöver du bara fyra ämnen. De återstående artiklarna på denna lista är utrustning. De fyra substanserna som krävs är EDTA-dinatriumsalt, Tris-bas, borsyra och avjoniserat vatten.
När det gäller utrustning behöver du en pH-mätare och kalibreringsstandarder, efter behov. Dessutom vill du ha några 600-ml och 1500-ml bägare eller kolvar. Avrunda dina utrustningsbehov är graderade cylindrar, rörstänger och omrörningsplattor.
Kontrollera inventeringen på laboratoriet du använder för att se till att du har allt du behöver innan du börjar. Ingenting är värre än att behöva sluta i mitten av att förbereda en lösning eftersom du har slut på rätt material.
Om ditt labb är i skolan eller din arbetsplats, kolla med rätt personal för att se att de har alla föremål i lager. Om du gör det kan du spara tid och energi i slutändan.
Formelens vikt förkortas som FW. Det är atomvikten för ett element multiplicerat med antalet atomer i varje element i en formel och sedan lägga till alla massor i varje element tillsammans.
Lagerlösning av EDTA
En EDTA-lösning bör förberedas i förväg. EDTA kommer inte att gå helt in i lösningen förrän pH justeras till cirka 8,0. För en 500 ml stamlösning av 0,5 M EDTA, väga 93,05 gram EDTA-dinatriumsalt (FW = 372,2). Lös sedan upp den i 400 ml avjoniserat vatten och justera pH med NaOH (natriumhydroxid). Fyll därefter på lösningen till en slutvolym på 500 ml.
Lagerlösning av TBE
Gör en koncentrerad (5x) stamlösning av TBE genom att väga 54 gram Tris-bas (FW = 121.14) och 27.5 gram borsyra (FW = 61,83) och upplöses båda i cirka 900 ml avjoniserat vatten. Tillsätt sedan 20 ml 0,5 M (molaritet eller koncentrationen) EDTA (pH 8,0) och justera lösningen till en slutvolym på 1 liter. Denna lösning kan lagras vid rumstemperatur men en fällning kommer att bildas i äldre lösningar. Förvara bufferten i glasflaskor och kassera om en fällning har bildats.
Arbetslösning av TBE
För agarosgelelektrofores kan en TBE-buffert användas i en koncentration av 0,5x (1:10 utspädning av det koncentrerade materialet). Späd ut stamlösningen med 10x i avjoniserat vatten. Slutliga lösta koncentrationer är 45 mM Tris-borat och 1 mM (millimolar) EDTA. Bufferten är nu klar för användning i kör en agarosgel.