På grundval av arkeologiska fynd har det antagits hominid verksamheten i Japan kan datera så tidigt som 200 000 FÖRE KRISTUS. när öarna var kopplade till det asiatiska fastlandet. Även om vissa forskare tvivlar på detta tidiga datum för bebyggelse, är de flesta överens om att cirka 40 000 B.C. glaciationen hade återanslutit öarna med fastlandet.
Befolkning av det japanska landet
Baserat på arkeologiska bevis, håller de också med om att mellan 35 000 och 30 000 B.C. Homo sapiens hade migrerat till öarna från östra och sydöstra Asien och hade väletablerade mönster för jakt och insamling och stenverktygsmaskiner. Stenverktyg, bebyggelseplatser och mänskliga fossiler från denna period har hittats över alla öarna i Japan.
Jomonperioden
Mer stabila levnadsmönster gav upphov till cirka 10 000 f.Kr. till Yngre stenåldern eller, som vissa forskare hävdar, Mesolithic kultur. Eventuellt avlägsna förfäder till det aboriginska Ainu-folket i det moderna Japan, medlemmar i den heterogena Jomon-kulturen (ca. 10 000-300 f.Kr.) lämnade den tydligaste arkeologiska journalen. Vid 3 000 f.Kr. tillverkade Jomon-folket lerfigurer och kärl dekorerade med mönster gjorda genom att imponera på våt lera med flätad eller obredd kabel och pinnar (Jomon betyder "mönster av flätad sladd") med växande raffinemang. Dessa människor använde också hackade stenverktyg, fällor och bågar och var jägare, samlare och skickliga fiskare från kusten och djupt vatten. De praktiserade en rudimentär jordbruksform och bodde i grottor och senare i grupper av antingen tillfälliga grunda bostadshus eller hus över marken, vilket lämnar rika köksmiddagar för modern antropologisk studie.
I slutet av Jomon-perioden hade en dramatisk förändring skett enligt arkeologiska studier. Den begynnande odlingen hade utvecklats till sofistikerad risfältodling och regeringskontroll. Många andra delar av japansk kultur kan också komma från denna period och återspeglar en blandad migration från den norra asiatiska kontinenten och de södra Stillahavsområdena. Bland dessa element är Shinto-mytologi, äktenskapstullar, arkitektoniska stilar och teknisk utveckling, såsom lack, textilier, metallbearbetning och glasframställning.
Yayoi-perioden
Nästa kulturperiod, Yayoi (uppkallad efter Tokyo-delen där arkeologiska undersökningar avslöjade sina spår) blomstrade mellan cirka 300 f.Kr. och A.D. 250 från södra Kyushu till norra Honshu. De tidigaste av dessa människor, som tros ha migrerat från Korea till norra Kyushu och blandat med Jomon, använde också flisstensverktyg. Även om keramiken i Yayoi var mer tekniskt avancerad, var den enklare dekorerad än Jomon ware.
Yayoi tillverkade bronsceremoniella icke-funktionella klockor, speglar och vapen och, vid första århundradet A.D., järn jordbruksredskap och vapen. När befolkningen ökade och samhället blev mer komplex, vävde de tyg, bodde i permanenta jordbruksbyar, konstruerade byggnader av trä och sten, ackumulerade rikedom genom markägande och lagring av spannmål och utvecklade distinkta sociala klasser. Deras bevattnade, våtris-kultur liknade den i centrala och södra Kina, vilket krävde tunga insatser av mänskligt arbete, vilket ledde till utveckling och eventuell tillväxt av ett mycket stillasittande, agrariskt samhälle.
Till skillnad från Kina, som var tvungen att genomföra massiva offentliga arbeten och vattenkontrollprojekt, vilket ledde till en mycket centraliserad regering, hade Japan rikligt med vatten. I Japan var då den lokala politiska och sociala utvecklingen relativt viktigare än den centrala myndighetens verksamhet och ett stratifierat samhälle.
De tidigaste skriftliga uppgifterna om Japan är från kinesiska källor från denna period. Wa (det japanska uttalet av ett tidigt kinesiskt namn för Japan) nämndes först i A.D. 57. Tidiga kinesiska historiker beskrev Wa som ett land med hundratals spridda stamsamhällen, inte enhetligt land med en 700-årig tradition enligt Nihongi, som sätter grunden till Japan på 660 B.C.
Kinesiska källor från tredje århundradet rapporterade att Wa-folket levde på råa grönsaker, ris och fisk som serverades på bambu- och träbrickor, hade vassal-mästarrelationer, samlade skatter, hade provinsiella kornstorlekar och marknader, klappade händerna i dyrkan (något som fortfarande görs i Shinto-helgedomar), hade våldsamma successionskamp, byggde jordar gravhögar och observerade sorg. Himiko, en kvinnlig härskare i en tidig politisk federation känd som Yamatai, blomstrade under det tredje århundradet. Medan Himiko regerade som en spirituell ledare, genomförde hennes yngre bror statliga frågor, som inkluderade diplomatiska förbindelser med domstolen för den kinesiska Wei-dynastin (A.D. 220 till 65).