Även om E. coli är känd av den allmänna befolkningen för den infektiösa naturen hos en speciell stam (O157: H7), få människor är medvetna om hur mångsidig och allmänt använt är det i forskning som en vanlig värd för rekombinant DNA (nya genetiska kombinationer från olika arter eller källor).
Bakterier gör användbara verktyg för genetisk forskning på grund av deras relativt små genomstorlek jämfört med eukaryoter (har en kärna och membranbundna organeller). E. coli-celler har bara cirka 4 400 gener medan det mänskliga genomprojektet har bestämt att människor innehåller cirka 30 000 gener.
Dessutom bakterier (inklusive E. coli) lever hela sitt liv i en haploid tillstånd (med en enda uppsättning av oparade kromosomer). Som ett resultat finns det ingen andra uppsättning kromosomer för att maskera effekterna av mutationer under proteinteknik experiment.
Detta möjliggör beredning av logfas (logaritmisk fas, eller den period där en population växer exponentiellt) kulturer över natten med halvvägs till maximal densitet.
Genetiska experiment ger bara timmar istället för flera dagar, månader eller år. Snabbare tillväxt betyder också bättre produktionshastigheter när kulturer används i uppskalning jäsning processer.
E. coli finns naturligt i tarmkanalerna hos människor och djur där det hjälper till att ge näringsämnen (vitamin K och B12) till värden. Det finns många olika stammar av E. coli som kan producera toxiner eller orsaka varierande infektionsnivåer om de intas eller får invadera andra delar av kroppen.
Trots det dåliga rykte för en särskilt giftig stam (O157: H7), E. coli-stammar är relativt oskadliga när de hanteras med rimlig hygien.
E. coli genom var den första som fullständigt sekvenserades (1997). Som ett resultat av E. coli är den mest studerade mikroorganismen. Avancerad kunskap om dess proteinuttrycksmekanismer gör det enklare att använda för experiment där uttryck av främmande proteiner och urval av rekombinanter (olika kombinationer av genetiskt material) är grundläggande.
De flesta genkloningstekniker utvecklades med användning av denna bakterie och är fortfarande mer framgångsrika eller effektiva i E. coli än i andra mikroorganismer. Som ett resultat är beredningen av kompetenta celler (celler som tar upp främmande DNA) inte komplicerad. Transformationer med andra mikroorganismer är ofta mindre framgångsrika.
Eftersom det växer så bra i den mänskliga tarmen, E. coli tycker det är lätt att växa där människor kan arbeta. Det är mest bekvämt vid kroppstemperatur.
Även om 98,6 grader kan vara lite varma för de flesta, är det lätt att hålla den temperaturen på laboratoriet. E. coli bor i mänskliga tarmen och konsumerar gärna alla typer av försmält mat. Det kan också växa både aerobt och anaerobt.
Således kan den föröka sig i tarmen hos en människa eller ett djur men är lika glad i en petriskål eller kolv.
E. Coli är ett otroligt mångsidigt verktyg för genetiska ingenjörer; som ett resultat har det bidragit till att producera ett fantastiskt utbud av mediciner och tekniker. Det har till och med enligt Popular Mechanics blivit den första prototypen för en biodator: "I en modifierad E. coli 'transkriptor', utvecklad av forskarna vid Stanford University mars 2007, en DNA-sträng står för tråd och enzymer för elektronerna. Potentiellt är detta ett steg mot att bygga fungerande datorer i levande celler som kan programmeras för att kontrollera genuttryck i en organisme. "
En sådan prestation kunde bara åstadkommas med användning av en organism som är väl förstått, lätt att arbeta med och som kan replikeras snabbt.