Många föreningar renas genom kristallisation från en vattenlösning. Kristallen utesluter många föroreningar, men vatten kan passa in i det kristallina gitteret utan att vara kemiskt bundet till katjon av föreningen. Tillförsel av värme kan driva bort detta vatten, men processen skadar vanligtvis den kristallina strukturen. Detta är bra om målet är att få en ren förening. Det kan vara oönskat vid odling av kristaller för kristallografi eller andra ändamål.
Ibland kombineras de två formerna. Till exempel [Cu (H2O)4]SÅ4· H2O kan användas för att beskriva kristallisationsvattnet av koppar (II) sulfat.
Vatten är en liten, polär molekyl som lätt kan integreras i kristallgaller, men det är inte det enda lösningsmedlet som finns i kristaller. I själva verket kvarstår de flesta lösningsmedel i mer eller mindre utsträckning i kristallen. Ett vanligt exempel är bensen. För att minimera effekten av ett lösningsmedel försöker kemister vanligtvis att ta bort så mycket som möjligt med vakuumekstraktion och kan värma ett prov för att driva bort kvarvarande lösningsmedel. Röntgenkristallografi kan ofta detektera lösningsmedel i en kristall.