Sandarna i Saharaöknen kunde ha varit ett stort hinder för handeln mellan Afrika, Europa och öst, men det var mer som ett sandigt hav med handelshamnar på båda sidor. I söder fanns städer som Timbuktu och Gao; i norr städer som Ghadames (i nuvarande Libyen). Därifrån reste varor till Europa, Arabien, Indien och Kina.
Muslimska handlare från Nordafrika transporterade varor över Sahara med stora kamelkaravaner - i genomsnitt ungefär 1 000 kameler, även om det finns en post som nämner husvagnar som reser mellan Egypten och Sudan som hade 12 000 kameler. Berbers of North Africa domesterade först kameler runt år 300 e.Kr.
Kamelen var det viktigaste elementet i husvagnen eftersom de kan överleva under långa perioder utan vatten. De tål också öknens intensiva hetta under dagen och kallt på natten. Kameler har en dubbel rad med ögonfransar som skyddar deras ögon från sanden och solen. De kan också stänga näsborrarna för att hålla sanden ute. Utan ett djur som är mycket anpassat för att resa, skulle handel över Sahara ha varit nästan omöjlig.
De tog främst in lyxvaror som textilier, siden, pärlor, keramik, prydnadsvapen och redskap. Dessa handlades för guld, elfenben, skog som ebenholts och jordbruksprodukter som kolanötter (ett stimulerande medel eftersom de innehåller koffein). De förde också sin religion, islam, som spridit sig längs handelsvägarna.
Nomader som bodde i Sahara handlade med salt, kött och deras kunskap som guider för tyg, guld, spannmål och slavar.
Fram till Americas upptäckt var Mali den främsta guldproducenten. Afrikansk elfenben var också eftertraktad eftersom den är mjukare än den från indiska elefanter och därför lättare att snida. Slavar var eftertraktade av domstolarna för arabiska och berberiska prinser som tjänare, konkubiner, soldater och jordbruksarbetare.
Sonni Ali, härskaren av Songhai Empire, som låg österut längs kurvan av Niger River, erövrade Mali 1462. Han började utveckla både sitt eget huvudstad: Gao och Mali, Timbuktus och Jennes huvudcentra blev stora städer som kontrollerade en hel del handel i regionen. Havsstäder utvecklades längs kusten i Nordafrika inklusive Marrakesh, Tunis och Kairo. Ett annat betydande handelscenter var staden Adulis vid Röda havet.