Lydia, bosatt i Reading (Redding), Massachusetts, arresterades den 30 april samma dag som George Burroughs, Susannah Martin, Dorcas Hoar, Sarah Morey och Philip English. Lydia Dustin undersöktes den 2 maj av domarna Jonathan Corwin och John Hathorne, samma dag som Sarah Morey, Susannah Martin och Dorcas Hoar undersöktes. Hon skickades sedan till Bostons fängelse.
Lydias ogifta dotter Sarah Dustin var nästa i familjen anklagade och arresterade, följt av Lydias barnbarn, Elizabeth Colson, som undvika fångst tills efter det att den tredje ordern utfärdades (källor skiljer sig åt om hon någonsin var fångad). Då anklagades också Lydias dotter Mary Colson (Elizabeth Colsons mor); hon undersöktes men inte åtalades.
Både Lydia och Sarah befanns inte skyldiga av Superior Court of Judicature, Assize Court och General Gaol Leverans i januari eller februari 1693, efter att de inledande försöken hade avbrutits när de kritiserades för deras användning av spektral bevis. De kunde dock inte släppas förrän de betalade fängelseavgifter. Lydia Dustin dog fortfarande i fängelse den 10 mars 1693. Hon är därför vanligtvis med på listor över dem som dog som en del av Salem-trolldomens anklagelser och rättegångar.