Alkemisten är en roman skriven i två delar och en epilog. Det kretsar kring en andalusisk herde med namnet Santiago och hans strävan efter sin egen personliga legend som tar honom från hans by till pyramiderna i Egypten. På sina resor möter han en serie karaktärer som antingen direkt hjälper honom eller lär honom en värdefull lektion med exempel.
Melchisedek och alkymisten blir mentorer, medan engelsmannen ger och exempel på vad som händer om du hoppas få kunskap främst från böcker, och kristallhandlaren visar honom vilken typ av liv man leder om man inte ser på en person Legend. Alkemisten ligger i ett universum där varje varelse har sin egen personliga legend, och där världen har en själ, som delas av allt, från levande varelser till grov materia.
Del ett
Santiago är en ung herde från Andalusien och är glad över en kommande resa till en stad där han hade varit året innan, eftersom han träffade en tjej som han blev förtrogen med. Hon är dotter till en köpman som köper ull av honom, en man med förtroendeproblem som kräver att Santiago skjuter sina får framför sig för att undvika bedrägeri. Han sover i en övergiven kyrka, där han har en återkommande dröm som involverar sikten av pyramider. När han förklarar det för en zigenare kvinna, tolkar hon det ganska enkelt och säger att han verkligen måste resa till Egypten för att hitta en begravd skatt. Till att börja med är han tveksam eftersom han gillar sitt liv som herde och han var tvungen att gå emot sina föräldrares vilja att bedriva det, eftersom de ville att han skulle bli präst.
Sedan stöter han på en gammal man som heter Melchisedek, som förklarar begreppet ”Personlig legend”, som är den personliga uppfyllandet som alla är skyldiga att sträva efter. Det är "vad du alltid har velat åstadkomma. Alla, när de är små, vet vad deras personliga legende är. "Han säger att han måste lyssna på tecken för att hitta hans skatt, och han ger honom två magiska stenar, Urim och Thummim, som svarar "ja" och "nej" på de frågor som han inte kan hitta ett svar på själv.
Santiago kommer till Tangier efter att ha säljt sina får, men en gång där rånas han av alla sina pengar av en man som hade sagt till honom att han kunde ta honom till pyramiderna. Detta försvinner inte för mycket för honom, eftersom han börjar arbeta för en kristallhandlare och faktiskt stärker sin arbetsgivares verksamhet med sina smarta idéer. Kristallhandlaren brukade själv ha en personlig legend - att göra en pilgrimsfärd till Mecka - men han gav upp det.
Del två
När Santiago tjänar tillräckligt med pengar är han osäker på vad han ska göra. Elva månader har gått, och han är osäker på om han ska återvända till Andalusien för att köpa får med sina intäkter eller fortsätta med sin strävan. Han går så småningom med en husvagn för att resa till pyramiderna. Där träffar han en medresande, känd som engelsmannen, som dabbar i alkemi. Han är på väg till Al-Fayoum-oasen för att träffa en alkemist, eftersom han hoppas kunna lära sig hur man förvandlar någon metall till guld. När han reser i öknen lär Santiago hur man kommer i kontakt med världens själ.
Krig sjunker i öknen, så husvagnen förblir vid oasen för tillfället. Santiago beslutar att hjälpa engelsmannen att hitta alkemisten. Deras informationskälla är Fatima, en tjej som han träffar när hon samlar vatten från brunnen och som han snabbt blir kär i. Han föreslår äktenskap med henne, och hon samtycker, förutsatt att han slutför sin uppdrag. Hon är en "ökenkvinna" som kan läsa omens och vet att alla måste lämna innan de återvänder.
Efter att ha vågat sig i öknen har Santiago en vision, med tillstånd av två hökar som attackerar varandra, om oasen som attackeras. Att attackera en oas är ett brott mot reglerna i öknen, så han berättar det till hövdingarna, men de säger att han kommer att behöva betala med sitt liv om oasen inte kommer att bli attackerad. Strax efter denna vision möter han en främling som bär svarta skräp som sitter ovanpå en vit häst som avslöjar sig vara alkemisten.
Oasen blir attackerad, och tack vare Santiago varning kan beboarna besegra raiderna. Detta förblir inte obemärkt av alkemisten som i sin tur beslutar att mentorera Santiago och hjälpa honom att nå pyramiderna. Men de fångas snart av en annan grupp krigare i öknen. Alkemisten berättar för Santiago att han skulle bli vinden för att gå vidare med resan.
Genom att bli mer och mer bekant med Soul of the World koncentrerar Santiago sig på öknen och lyckas så småningom bli vinden. Detta skrämmer fångarna som omedelbart befriar både honom och alkemisten.
De tar sig till ett kloster, där alkemisten förvandlar lite bly till guld och delar upp det. Hans resa stannar här, eftersom han måste återvända till oasen, men Santiago fortsätter och så småningom når pyramiderna. Han börjar gräva på det ställe som han drömt om att hitta sin skatt, men är bakhåll av raiders och tar en allvarlig julslag. En av raiderna, när han frågade om vad Santiago gjorde där, avskyr honom för sin dröm och nämner det han hade en dröm om en skatt begravd av en övergiven kyrka i Spanien, och att han inte var dum nog att förfölja den.
Epilog
Detta ger Santiago svaret han letade efter. När han återvänder till kyrkan i Spanien, gräver han snabbt upp skatten, minns att han är skyldig en bråkdel av den till zigenare och beslutar att återförenas med Fatima.