Den tidigaste kontakten mellan båda länderna var genom köpmän och upptäcktsresande. Senare i mitten av 1800-talet reste flera representanter från USA till Japan för att förhandla om handelsavtal, inklusive Commodore Matthew Perry 1852 som förhandlade om första handelsavtalet och den Convention of Kanagawa. På samma sätt kom en japansk delegation till USA 1860 i hopp om att stärka diplomatiska och handelsrelationer mellan båda länderna.
Andra världskriget såg länderna mot varandra efter att japanerna bombade den amerikanska flottbasen vid Pearl Harbor, Hawaii 1941. Kriget avslutades 1945 efter att Japan drabbades av enorma kausaliteter från atombombning av Hiroshima och Nagasaki och brandbombning av Tokyo.
Den 14 augusti 1945 övergav Japan sig vilket ledde till en ockupation av de segrande allierade styrkorna. Efter att ha fått kontroll över Japan, USA: s president Harry Truman utnämnd till general Douglas MacArthur som högsta befälhavare för de allierade makterna i Japan. De allierade styrkorna arbetade med återuppbyggnaden av Japan, liksom att befästa politisk legitimitet genom att offentligt stå på sidan av kejsaren Hirohito. Detta tillät
MacArthur att arbeta inom det politiska systemet. I slutet av 1945 arbetade cirka 350 000 amerikanska tjänstemän i Japan med en mängd olika projekt.Under allierad kontroll genomförde Japan en anmärkningsvärd omvandling som kännetecknades av ny konstitution av Japan som betonade demokratiska principer, utbildning och ekonomisk reform och demilitarisering som var inbäddad i den nya japanska konstitutionen. När reformerna ägde rum flyttade MacArthur gradvis den politiska kontrollen över till japanerna som kulminerade i 1952 års San Francisco-fördraget som officiellt avslutade ockupationen. Denna ram var början på en nära relation mellan båda länderna som pågår fram till denna dag.
Perioden efter San Francisco-fördraget har präglats av nära samarbete mellan båda länder, med 47 000 amerikanska militärtjänstemän kvar i Japan på inbjudan av japanerna regering. Ekonomiskt samarbete har också spelat en stor roll i förhållandet till USA som har gett Japan betydande stödbelopp under efterkrigstiden eftersom Japan blev en allierad i Kalla kriget. Partnerskapet har resulterat i återuppkomsten av den japanska ekonomin som fortfarande är en av de starkaste ekonomierna i regionen.