Spanska erövrare nådde öarna i filippinerna 1521. De uppkallade landet efter Kung Filip II av Spanien 1543, att pressa för att kolonisera skärgården trots sådana bakslag som död 1521 Ferdinand Magellan, dödade i strid av Lapu-Lapus trupper på Mactan Island.
Från 1565 till 1821 styrde Nya Spaniens Viceroyalty Filippinerna från Mexico City. 1821 blev Mexiko oberoende, och Spaniens regering i Madrid tog direkt kontroll över Filippinerna.
Under perioden mellan 1821 och 1900 slog den filippinska nationalismen rot och växte till en aktiv anti-imperial revolution. När Förenta staterna besegrade Spanien i Spanska-amerikanska kriget 1898 fick Filippinerna inte sin oberoende utan istället blev en amerikansk besittning. Som ett resultat ändrade geriljakriget mot utländsk imperialism helt enkelt målet för dess raseri från spanska styre till amerikansk styre.
Tre nyckelledare inspirerade eller ledde den filippinska självständighetsrörelsen. De två första - Jose Rizal och Andres Bonifacio - skulle ge sina unga liv för orsaken. Den tredje, Emilio Aguinaldo, överlevde inte bara att bli den första presidenten på Filippinerna utan också levde vidare till mitten av 90-talet.
Jose Rizal var en lysande och mångtalig man. Han var läkare, romanförfattare och grundare av La Liga, en fredlig antikolonial pressgrupp som träffades bara en gång 1892 innan de spanska myndigheterna arresterade Rizal.
Jose Rizal inspirerade sina anhängare, inklusive den eldiga rebellen Andres Bonifacio, som deltog i det enda ursprungliga La Liga-mötet och återupprättade gruppen efter Rizals gripande. Bonifacio och två medarbetare försökte också rädda Rizal från ett spanskt skepp i Manila hamn sommaren 1896. I december försöktes emellertid den 35 år gamla Rizal i en skam militärdomstol och avrättades av en spansk skjutgrupp.
Andres Bonifacio, från en fattig lägre medelklassfamilj i Manila, gick med i Jose Rizal fredlig La Liga-grupp men trodde också att spanska måste drivas från Filippinerna av tvinga. Han grundade Katipunan rebellgrupp, som förklarade oberoende från Spanien 1896 och omgav Manila med geriljakämpar.
Bonifacio var med för att organisera och aktivera oppositionen mot det spanska styret. Han förklarade sig som president för de nyligen oberoende Filippinerna, även om hans påstående inte erkändes av något annat land. I själva verket utmanade även andra filippinska rebeller Bonifacios rätt till ordförandeskapet, eftersom den unga ledaren inte hade en universitetsgrad.
Bara ett år efter att Katipunan-rörelsen började sin revolt, avrättades Andres Bonifacio vid 34 års ålder av en kollega rebell, Emilio Aguinaldo.
Emilio Aguinaldos familj var relativt rik och hade politisk makt i staden Cavite, på en smal halvö som går ut i Manila Bay. Aguinaldos relativt privilegierade situation gav honom möjlighet att få en bra utbildning, precis som Jose Rizal hade gjort.
Aguinaldo gick med i Andres Bonifacios Katipunan-rörelse 1894 och blev general i Cavite-området när öppet krig bröt ut 1896. Han hade bättre militär framgång än Bonifacio och tittade på den självutnämnda presidenten för sin brist på utbildning.
Denna spänning kom fram när Aguinaldo riggade val och förklarade sig som president i stället för Bonifacio. I slutet av samma år skulle Aguinaldo ha Bonifacio avrättad efter en rättslig rättegång.
Aguinaldo gick i exil i slutet av 1897, efter att ha överlämnats till spanska, men fördes tillbaka till filippinerna av amerikanska styrkor 1898 för att delta i kampen som sköt ut Spanien efter nästan fyra århundraden. Aguinaldo erkändes som den första presidenten i den oberoende republiken Filippinerna men var tvingades tillbaka in i bergen som rebellsledare än en gång när det filippinska-amerikanska kriget bröt ut i 1901.