Det fanns inga "officiella" vice presidentkandidater vid valet 1800. Enligt den amerikanska konstitutionen gjorde val två val för president och vem som fick flest röster blev president. Personen med de näst flest röster blev vice ordförande. Detta skulle förändras med det 12: e ändringsförslaget.
Trots att det inte fanns någon officiell vice presidentkandidat, sprang Thomas Jefferson med Aaron Burr som sin löpande kompis. Deras ”biljett” fick flest röster och beslutet om vem som skulle bli president gavs väljarna. John Adams parades med antingen Pinckney eller Jay. Men enligt Nationalarkivet hölls ingen officiell registrering av antalet populära röster.
Det fanns ett valröstband mellan Thomas Jefferson och Aaron Burr med 73 röster vardera. På grund av detta fick representanthuset besluta vem som skulle vara president och vem som skulle vara vice president. På grund av en intensiv kampanj av Alexander Hamilton, Thomas Jefferson valdes ut över Aaron Burr efter 35 omröstningar. Hamiltons handlingar skulle vara en faktor som ledde till hans död i en duell med Burr 1804.