Detta inträffar oftast på grund av geografisk isolering eller reproduktiv isolering av individer i befolkningen. När arten utvecklas och förgrena sig kan de inte längre föda upp medlemmar av den ursprungliga arten.
Fyra typer av naturlig speciation kan uppstå baserat på reproduktiv eller geografisk isolering, bland annat skäl och miljöfaktorer.
Prefixet allo- betyder "annat." Suffixet -patric, betyder "plats". Så allopatric är en typ av speciation orsakad av geografisk isolering. De individer som är isolerade finns bokstavligen på en "annan plats."
Den vanligaste mekanismen för geografisk isolering är en faktisk fysisk barriär som kommer mellan en befolkning. Detta kan vara något så litet som ett fallit träd för små organismer eller så stort som att delas upp av hav.
Allopatrisk specifikation betyder inte nödvändigtvis att de två distinkta populationerna inte kan interagera eller ens föda upp i början. Om barriären som orsakar den geografiska isoleringen kan övervinnas kan vissa medlemmar i de olika befolkningarna resa fram och tillbaka. Men en majoritet av befolkningarna kommer att förbli isolerade från varandra och som ett resultat kommer de att avvika i olika arter.
Prefixet peri- betyder "nära." När det läggs till i suffixet -patric, det översätts till "nära plats." Peripatric speciation är faktiskt en speciell typ av allopatric speciation. Det finns fortfarande en slags geografisk isolering, men det finns också någon form av instans som får mycket få individer att överleva i den isolerade befolkningen jämfört med allopatrisk specifikation.
I peripatric specifikation kan det vara ett extremt fall av geografisk isolering där bara ett fåtal individer är isolerade, eller kunde följa inte bara en geografisk isolering utan också en slags katastrof som dödar alla utom några av de isolerade befolkning. Med en så liten genpool överförs sällsynta gener oftare, vilket orsakar genetisk drift. De isolerade individerna blir snabbt oförenliga med sina tidigare arter och blir en ny art.
Suffixet -patric betyder fortfarande "plats" och när prefixet para-, eller "bredvid", är kopplad, det innebär att den här gången befolkningarna inte isoleras av en fysisk barriär och istället "bredvid" varandra.
Även om det inte finns något som hindrar individerna i hela befolkningen från att blanda sig och paras, sker det fortfarande inte i parapatrisk specifikation. Av någon anledning parar sig individer inom befolkningen bara med individer i sitt närområde.
Några faktorer som kan påverka parapatric speciation inkluderar föroreningar eller en oförmåga att sprida frön för växter. För att den ska klassificeras som parapatrisk specifikation måste dock befolkningen vara kontinuerlig utan fysiska hinder. Om det finns några fysiska barriärer måste den klassificeras som antingen peripatrisk eller allopatrisk isolering.
Den sista typen kallas sympatrisk specifikation. Prefixet sym-, vilket betyder "samma" med suffixet -patric, vilket betyder "plats" ger en ledtråd till betydelsen av denna typ av speciation: Individerna i befolkningen är inte separerade alls och alla bor på "samma plats." Så hur skiljer sig befolkningarna om de bor i samma sak Plats?
Den vanligaste orsaken till sympatrisk specifikation är reproduktiv isolering. Fortplantningsisolering kan bero på att individer kommer in i deras parningsperioder vid olika tidpunkter eller föredrar var man kan hitta en kompis. I många arter kan valet av kompisar baseras på deras uppfostran. Många arter återvänder till där de föddes för att para. Därför skulle de bara kunna para sig med andra som föddes på samma plats, oavsett var de rör sig och bor som vuxna.
Andra orsaker kan vara att olika populationer blir beroende av olika behov i miljön, till exempel matkällor eller skydd.