Katastrofala översvämningar på Gula floden tvättade bort grödor, drunknade bybor och ändrade flodens kurs så att den inte längre mötte Grand Canal. De hungriga överlevande från dessa katastrofer började tro att deras etnisk-mongoliska härskare, Yuan-dynastin, hade tappat Himlens mandat. När samma härskare tvingade 150 000 till 200 000 av sina kineser med Han-händer att visa sig för en massiv arbetskrava för att gräva ut kanalen ännu en gång och gå med i floden, gjorde rebellerna uppror. Denna uppror, kallad Röda Turban-upproret, signalerade början av slutet för Mongoliska styren över Kina.
Den första ledaren för de röda turbanerna, Han Shantong, rekryterade sina följare från tvångsarbetarna som grävde ut kanalbädden 1351. Han farfar hade varit en sektledare för White Lotus-sekten, som gav de religiösa grunden för Röda Turban-upproret. Yuan-dynastiets myndigheter fångade snart och avrättade Han Shantong, men hans son tog sin plats i spetsen för upproret. Båda Hans kunde spela på sina följares hunger, deras missnöje med att tvingas arbeta utan lön för regeringen och deras djupt sittande ogillar att styras av "barbarer" från Mongoliet. I norra Kina ledde detta till en explosion av Röda Turban anti-regeringsaktivitet.
Under tiden, i södra Kina, började ett andra röda Turban-uppror under ledning av Xu Shouhui. Den hade liknande klagomål och mål som de nordliga röda turbanerna, men de två samordnades inte på något sätt.
Även om bondesoldaterna ursprungligen identifierade sig med färgen vit (från White Lotus Society) bytte de snart till den mycket lyckligare färgen röd. För att identifiera sig bar de röda pannband eller hong jin, som gav upproret sitt gemensamma namn som "Röda Turban-upproret." Beväpnad med provisoriska vapen och gårdsredskap, de borde inte ha varit ett verkligt hot mot centralstyrningens Mongol-ledda arméer, men Yuan-dynastin befann sig i kaos.
Inledningsvis kunde en kapabel befäl som kallas chefråd Toggto sätta ihop en effektiv styrka av 100 000 imperialistiska soldater för att sätta ner de norra röda turbanerna. Han lyckades 1352 och ledde Han's armé. 1354 gick de röda turbanorna på offensiven en gång till och skär Grand Canal. Toghto samlade en styrka som traditionellt var 1 miljon, även om det utan tvekan är en grov överdrift. Precis när han började röra sig mot de röda turbanerna, resulterade domstolens intriger i att kejsaren avfärdade Toghto. Hans upprörda officerare och många av soldaterna övergav i protest för hans borttagning, och Yuan-domstolen kunde aldrig hitta en annan effektiv general för att leda ansträngningarna mot Röda Turban.
Under slutet av 1350-talet och början av 1360-talet kämpade de lokala ledarna för de röda turbanorna med varandra för kontroll över soldater och territorium. De spenderade så mycket energi på varandra att Yuan-regeringen lämnades i relativ fred under en tid. Det verkade som om upproret skulle kollapsa under vikten av olika krigsherrens ambition.
Han dog Han Shantongs son 1366; vissa historiker tror att hans general, Zhu Yuanzhang, fick honom att drunkna. Trots att det tog ytterligare två år ledde Zhu sin bondearmé att fånga den mongolska huvudstaden vid Dadu (Peking) 1368. Yuan-dynastin föll och Zhu etablerade en ny etnisk Han kinesisk dynastin kallas Ming.